.jar Dateien sind eigt. nur zip files, also musst du nur eine Möglichkeit finden um Zip-Files zu erstellen:
msdn.microsoft.com/de-de/libra…on.zipfile(v=vs.110).aspx

Und mit Code meinst du vmtl. Java Code?
Dann musst du die java files compilen, das geht mit dem javac command line tool, das kannst du mit der Process-Klasse und entsprechenden Parametern aufrufen:
msdn.microsoft.com/de-de/libra…cs.process(v=vs.110).aspx