Ich könnte helfen.

@mrMo: Nein, da war kein Fragezeichen. Das ist wie mit den -Rätseln, die manchmal per WhatsApp rumgehen. »Eine Mutter hat einen Sohn. Wie ist sein Name. Nenne den Namen des Sohnes und Du hast gewonnen.« Dabei ist die Antwort schon vorgegeben. Der Sohn heißt »Wie«. »Wie ist sein Name« ist dabei eine Aussage über den Sohn. Daher wollte der TE sagen, dass eine ominöse Person namens »Wer« ihm beim Problem helfen kann. Vielleicht ein Kumpel, der bei Vollmond zum Werwolf wird …
Ok, Blödsinn beiseite. Oder auch noch nicht:

stefanwue schrieb:

in der ewrsten Listbox wird per txt Datei die Zahlen geladen und dasselbe in der zweiten Listbox

Wenn dasselbe passiert, sind die Inhalte identisch. Da mus nix mehr verglichen werden.
Ok, ich versuch's nochmal. Erster Vergleich: Itemanzahl vergleichen. Wenn unterschiedlich, dann sind die Inhalte nicht gleich.
Aber Moment: Geht es nur um inhaltliche Unterschiede oder auch um die Reihenfolge?
Bei ersterem: Nimm alle ListBox1-Items als StringArray und gehe dann jedes ListBox2-Item durch mit: Wenn StringArray nicht das x-te ListBox2-Item-als-String enthält, packe das x-te ListBox2-Item in ListBox3 (als Kopie). Und dann nochmal umgekehrt mit ListBox2-Items als Array und alle ListBox1-Items durchgehen.
Besser wäre natürlich, die Daten vor dem Einfügen in die ListBoxen in Arrays zu packen und die Arrays direkt miteinander zu vergleichen. Auch mit LINQ lässt sich das alles einfach(er) gestalten, da gibt die LINQ-Extension Except