Lösung 1: Ignorieren | CA- als auch das Schlangenöl-Zeug ist Broken by Design
Lösung 2: Mitspielen und blechen

An wen soll dein Programm weiter gegeben werden?

Freunde und bekannte: Nix Zerifikat
Kunden: Zerifikat aus seriösen Quellen kaufen

Wenn du deine Software kostenlos weitergibst brauchst du eigentlich kein Zertifikat, haben die wenigsten Freeware Programme. Wenn du dein Programm verkaufst ist der Preis des Zertifikats in der Regel relativ gering, andere Kosten sind meistens wesentlich höher (irgendwelche Lizenzen, Server, etc.). Naja, was soll die Alternative sein, diese Zertifikate haben die Eigenschaft, dass sie "beweisen", dass eine Software von dir kommt (womit du dann im Falle eines Virus verantwortlich gemacht werden kannst, weil du nicht anonym bist). Strong Name signing macht eigentlich immer Sinn und ist ähnlich, aber damit da dein Name steht musst du wohl 60 €+ im Jahr bezahlen (zumindest bei startssl.com/).