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Da stellt sich mir erst Mal die Frage wovon reden wir? Bei einer C# API die auf Windows Funktionen oder DLL zurück greift müssen wir nicht über Linux als Host raten. Wie wurde und wird die API weiterentwickelt? Daraus könnte sich auch ein Workflow ableiten. Nur Mal als Beispiel, eine API mit Hilfe von Visum Studio kann man direkt auf einen IIS oder auch zu Azure veröffentlichen. Andere Sprache für die Entwicklung, andere Tools ziehen einen anderen Workflow nach sich

.net Sprachen, (Windows-)DLLs, Visual Studio. Da scheint mir das Hosting im IIS eine passende Wahl. Im VS heißt das Feature "Publish". Damit kann man direkt auf einem IIS die Application updaten.

Aus der Entfernung lässt sich schlecht sagen ob euer IIS das von der Performance her packt oder nicht. Die Frage ist ob beide Apps auch zur externen Veröffentlichung gedacht sind. Da wäre für mich ein Grund auf verschiedene Server zu gehen. Ansonsten ist die API eine neue Web App mit entsprechender Trennung der Daten und auch einem eigene AppPool