Ich kapier's leider nicht. Dein Programm verarbeitet Dateien, die als verschnürte Pakete in den Ressourcen rumliegen. Und Du willst ggf. neue Dateien dem hinzufügen, ohne Dein Programm zu ändern. Ist das richtig? Stellt sich die Frage, was der Aufwand soll. Warum nicht ne Zip-File mit allen Dateien bereitstellen, die dann von Deinem Programm ausgepackt und verteilt wird? Dein Programm wäre somit nur noch mit der Aufgabe beschäftigt, ein Paket zu öffnen und den Inhalt an die richtige Stelle zu schieben.
btw: Macht Dein Programm selber was mit dem Netzwerk/Internet? Weil dieser Thread hier im Internet- und Netzwerkprogrammierungsunterforum ist. Klingt eher so, als ob es nur um einen Paketinhaltsmanager geht - falls denn meine Einschätzung richtig ist.

Kein Problem mit der Forenwahl, das kann ich ja als Mod korrigieren.
Das Problem kannst Du relativ leicht lösen. Schau mal bei Nuget nach nem Zip-Manager. Oder nimm die .NET-Variante. Vielleicht reicht die schon für Deine Zwecke. Da werden dann eben sowohl Verpackungs- als auch Entpackungsmethoden angeboten. Und von denen macht dann Dein Programm Gebrauch, ohne wissen zu müssen, um welche Dateien es geht. Ok, Du musst ein Verzeichnis und so angeben. Aber so sind Dateien und Programm entkoppelt.